Merge のフォルダー比較ウィンドウでは、対象のファイルの各行に対してテキスト、イメージ、またはバイナリ比較を起動することで、1 つのファイルの異なるバージョン内における変更箇所を確認およびマージすることができます。
ファイルへの変更を表示するには、まず対象のファイルを結果リスト内で選択します。次に、リボンの比較を実行 
ボタンをクリックします。ファイル比較ウィンドウが開くので、各バージョンのファイル内の変更箇所を確認および調整することができます。
複数のファイル比較を開く
フォルダー比較結果リストで複数のファイルを選択してから 比較を実行 ボタンをクリックすれば、複数のファイル比較ウィンドウを同時に開くことができます。フォルダー比較ウィンドウで Ctrl または Shift キーを押したままファイルをクリックすれば、複数のファイルを選択できます。
また、リボンの行選択 
メニューにある変更箇所を選択を使って、変更されているファイルをすべて選択してから、比較を実行 ボタンをクリックすることもできます。
開いているファイル比較ウィンドウの数を制限する
開いているファイル比較ウィンドウは、それぞれが一定のシステム リソースを使用します。リソースを使い果たさないために、フォルダー比較ウィンドウが開くファイル比較ウィンドウの数について制限を設定することができます。この制限はオプション ダイアログの起動ページのコントロールで調整することができます。
一般的な処理の流れは以下のとおりです。
- 行選択 メニューから変更箇所を選択コマンドを選択して、1 番目と 2 番目のフォルダー階層間で変更されているすべてのファイルを選択します。
- 比較を実行 をクリックして、選択した各ファイルのファイル比較ウィンドウを開きます。ファイル比較ウィンドウが開いたファイルの選択は解除されます。
- 開いた各ファイル比較ウィンドウの内容を検証および（または）編集します。処理が終わったら、ファイル比較ウィンドウを閉じます。
- すべてのファイル比較ウィンドウでの処理が完了したら、フォルダー比較ウィンドウに戻ります。
- 比較を実行 を再度クリックします。リスト内でまだ選択されているファイルがある場合は、次にそれらのファイル比較ウィンドウが開きます。
選択されているファイルがなくなるまで、上記の処理を繰り返してください。
ファイルの編集後にフォルダー比較を更新する
ファイルに対する変更が終わった後にフォルダー比較を更新するには、そのファイルを選択してから、リボンの選択範囲を再比較 
ボタンをクリックします。変更が加えられたファイルのフォルダー比較結果が更新されます。