Merge では、2 つのフォルダ階層間の内容の同期を取ることができます。ファイル比較の起動ができるだけでなく、各フォルダ階層間でファイルおよびフォルダをコピーしたり削除することができます。
ファイルおよびフォルダのコピー
あるフォルダ階層から別のフォルダ階層へファイルおよびフォルダをコピーする場合は、まず対象のファイルおよびフォルダを選択します。
次に、ある階層から別の階層へファイルのコピーを行うには、選択ファイルのコピー 
ツールバー ボタンをクリックし、第 1 から第 2 の列へコピー…または第 2 から第 1 の列へコピー…を選択します。いずれかのメニュー項目を選択するとウインドウが開き、どのファイルがどこへコピーされるのかが表示されます。
コピー元列には、選択したすべてのファイルとフォルダが表示されます。コピー先列には、これらのファイルとフォルダがどこにコピーされるのかが表示されます。このウインドウ上部にあるコピー先のパス入力フィールドの値を変更すれば、別のコピー先を指定することができます（比較しているフォルダ階層間では必ずしも必要ではありません）。コピー先を指定すると、コピー先列が、これを反映させた内容に更新されます。
フォルダ比較の場所とファイルの場所の相対的な関係は、階層間でのコピーを実行しても保持されます。たとえば、C:\documents と D:\documents を比較している場合、最初のフォルダ階層にある reports フォルダの report.doc ファイルは、もう一方のフォルダ階層の reports というフォルダにコピーされます。
ファイルおよびフォルダの削除
フォルダ比較ウインドウで項目を削除するには、削除したいファイルとフォルダを選択して右クリックし、コンテキスト メニューの列内の選択項目を削除項目を使用します。削除したファイルとフォルダは macOS の［ゴミ箱］から元に戻すことができます。
代わりに、アクション▸選択範囲を削除 メニュー項目は列内だけではなく 2/3 者間で選択されている項目のすべてを削除します。
一部のファイルとフォルダ（特にネットワーク ボリューム上にある場合）はゴミ箱に送ることができません。Merge はこれが起こるかどうか知らせます。そして永久にファイルとフォルダを削除する機会を提供します。
バージョンが異なるファイル間の変更の解決
単に最新のインスタンスを他方のフォルダへコピーするのではなく、あるファイルの異なるバージョン間の変更をマージする方法についてはファイル比較の起動を参照してください。
複数ファイルでの作業
各フォルダの完全な同期を取るために、複数のファイルおよびフォルダへ異なる内容をコピーしなければならないこともあります。指定した基準に基づいてファイルとフォルダを選択するには、行選択 
ツールバー ボタンをクリックし、 状態によって… を選択します。またはアクション▸行選択▸状態によって… メニュー項目を選択します。複数のファイルを選択するその他の方法については、フォルダ比較を参照してください。
一般的な処理の流れ
2 つのフォルダ階層にまったく同じ最新の内容が格納されるようにするためのフォルダ同期の通常の流れは下記のとおりです。
- 最初のフォルダで、変更されている新しいすべてのファイルを選択し、もう一方のフォルダへコピーします。
- 2 番目のフォルダで、変更されている新しいすべてのファイルを選択し、もう一方のフォルダ（最初のフォルダ）へコピーします。
- 最初のフォルダで、削除されたというマークが付けられているすべてのファイルを確認し、コピーの必要がなくなったファイルを削除してから残りのファイルを 2 番目のフォルダへコピーします。
- 2 番目のフォルダで、追加されたというマークが付けられているすべてのファイルを確認し、コピーの必要がなくなったファイルを削除してから残りのファイルを最初のフォルダへコピーします。