Merge では、ファイルにテキストを直接入力して編集することができます。いずれかのファイルをクリックし選択してから、キーボードを使って必要な編集を行います。
Cmd+C キーを使用するとテキストをファイルからクリップボードにコピーし、Cmd+V キーを使用すると他方のファイルに貼り付けます。また、テキストのブロックを選択して Merge 内の別のファイル パネルや、ほかの多数のアプリケーションにドラッグ アンド ドロップすることができます。選択したテキストを目的の場所に移動する場合は Cmd キーを押したまま目的の場所にドロップし、コピーする場合はどのキーも押さないでドロップします。
ファイルに変更を加えた場合、Merge は常に最新の比較結果が表示されるように、バックグラウンドで比較を行います。
修正箇所インジケータ
ファイルが修正された場合は、そのファイル パネルの右上にインジケータ アイコン 
が表示されます。
編集マーカーおよびブックマーク
ファイルを編集すると、どの行を編集したかわかるように、編集マーカー
を自動的に生成します。編集箇所間を移動するには、Shift+F3 と F3 キーまたは［編集］ > ［マーカー］メニュー コマンドを使用します。
ファイルの比較や編集を行っている際にブックマークを設定しておいて、後でその場所に戻ることができます。Ctrl+F2 キーを押すと現在行のブックマークのオン/オフを切り替えることができます。ブックマーク間を移動するには、F2 または Shift+F2 を押すか［編集］ > ［マーカー］メニュー コマンドを使用します。
コメントは編集マーカーとブックマークの両方に追加することができ、重要な情報の注釈を付けたり、質問を記録することができます。マーカーまたはブックマークのコメントを編集するには、ブックマークを右クリックして［コメントの編集］を選択します。コメントは、マウス ポインターをマーカーまたはブックマーク上に置くとツール ヒントとして表示されます。
ブックマークおよびコメントは、比較をアーカイブまたはチームでの合同作業のために保存する際に一緒に含められます。またブックマーク コメントは HTML 比較レポートでも見られます。このため、比較の中に質問を入力したり注釈を付けておき、それを後で電子メールで送信してほかのチーム メンバーが校閲できるようにする有用なツールとなります。
変更を元に戻す
［編集］メニューのコマンドを使用して、編集中に行った変更を取り消すおよびやり直すことができます。
読み出しのみファイル
ファイルの属性（アクセス権）が読み出しのみの場合、そのファイル パネルの右上に 
アイコンが表示されます。
デフォルトでは、読み出しのみとなっているファイルを Merge で編集することはできません。読み出しのみのファイルを編集しようとした場合、Merge はこれを無効にするかどうかを尋ねます。
ファイルのマージ
上に述べた編集機能に加え、ファイルの変更を別のファイルに簡単にマージするためのツールがいくつか用意されています。詳細については、ファイルのマージを参照してください。