Merge のバイナリ比較では、バイナリ（一般的に非テキストおよび非イメージ）データ ファイルを比較する手段を提供します。ファイルの差異をバイト レベルで調べたい場合の最良の比較方法です。Merge ではファイルを構成するバイトをさまざまな方法で変換および表示することができます。たとえば、16 進、10 進、浮動小数点のファイル データなどです。
［ファイル］メニューの［新規バイナリ比較］コマンドを選択することによって、新しいバイナリ比較ウインドウを開くことができます。
比較ファイルが表示される 2 つの空の領域がウインドウの大部分を占めています。それぞれのファイル ペインの中に直接タイプするかほかのアプリケーションからコピーされたテキストをペーストすることができます。また、各ファイル ペインの上には比較するファイルのパスを入力するフィールドがあります。
2 つのテキストファイルを比較するために、入力フィールドに 2 つのファイルのパスを入力するか、パス入力フィールドの右側にあるボタンを使ってファイルを選択することができます。
ボタンをクリックするとファイルの参照シートが開き、
ボタンをクリックすると過去に比較したファイルのリストが表示されます。入力フィールドで示される名前のファイルに他のバージョンがあり（Time Machine などで）、それが比較のために利用可能な場合、
ボタンはこれらの他のバージョンのリストを表示します。このボタンが有効でない場合、バージョン環境設定ページで設定されるオプションをオンにします。
比較する 2 つのファイルを選択したら、ツール バーの 
ボタンをクリックするか Enter キーを押します。
また、対象のファイルを Finder からファイル名入力フィールドまたはファイル ペインまでドラッグ アンド ドロップすることもできます。
バイナリ比較の表示
Merge のインストール ディレクトリには、2 つのサンプル ファイル（test1.txt および test2.txt）が用意されています。下図は、これら 2 つのファイルのバイナリ比較結果の画面です。
2 つのファイル変更箇所が色とリンク線を使って強調表示されています。ファイル比較ウインドウの中央パネルに表示されているリンク線は、両ファイルの変更箇所をつなぐことによってファイルがどのように関連しているかを示しています。比較ウインドウで使用されている色とフォントはフォント/カラー環境設定ページのコントロールを使用して変更できます。
Merge のメイン ウインドウ下部のステータス バーに、比較している両ファイルの変更箇所の数が表示されます。キャレットのバイト オフセットも表示されます。
比較するファイルを上下または左右（デフォルト）に並べて表示するよう、ファイル比較ウインドウでのファイルのレイアウトを変更するには、［n 者間比較（左右に表示）］と［n 者間比較（上下に表示）］コマンド（［ウインドウ］メニュー）を使用できます。
Merge には、ファイルの比較および表示方法をカスタマイズするためのオプションが数多く用意されています。また、最良の結果を出すために Merge のカスタマイズを行うためのヘルプ トピックも用意されているので活用してください。
バイナリ比較コントロール
バイナリ比較ウインドウの下部に沿った帯状のコントロールを使用して、バイナリ比較の実行と表示方法を変更できます。
列
このコントロールはファイル パネルに表示されるデータ要素の列数を指定します。値 0 または "自動" を指定すると、表示可能な最大数の列が表示されます。
文字を表示
チェックをオンにした場合、バイナリ比較の表示領域に、バイナリ データを ASCII 文字として解釈し表示するための列が 1 つ追加されます。
形式
このドロップダウン リストは比較されたファイルのデータ要素の大きさとタイプを選択するために使用します。データ形式として 8、16、32 および 64-ビット整数と 32-ビットまたは64-ビット浮動小数点数を選択できます。デフォルトの要素サイズは 1 ビットです。再比較ボタンをクリックして、このコントロールへの変更を適用します。
表示形式
このドロップダウン リストの値を使用して、比較で表示するデータの表示スタイルを選択します。データは 16 進、10 進（big または little endian）あるいは浮動小数点数値として表示できます。表示値によっては、形式ドロップダウンの一定の選択にのみ適用されます（たとえば、浮動小数点を表示させる場合、8 ビット整数は不適切です）。比較表示に NaN（not a number）と表示される場合は表示形式での選択と形式が不適切です。
検索サイズ
このコントロールに含まれる値は、比較ファイル間の変更の最小のセットを見つけるために Merge が実行する処理量に影響します。この影響はサイズの大きなファイルではより大きくなります。小さい値を指定すると、一般的に正確性を犠牲にして迅速な比較となり、大きい値を指定すると、より正確ですが遅い比較となります。検索サイズを小さくすれば変更を見逃すことはありませんが、最も期待される変更のセットではなくなる可能性があります。再比較ボタンをクリックして、このコントロールへの変更を適用します。
移動
一方のファイルでスクロール バーを使ってファイルをスクロールするともう一方のファイルもスクロールされるので、比較する両方のファイルは常に中央で揃えて表示されます。中央のポイント マーカー（リンク線パネルの中央にあるインデントされた線）は、揃えられている両ファイルを Merge が関連付けようとしているポイントを示します。Ctrl+Cmd キーを押しながらスクロールすれば、ファイルを揃えて表示する機能を一時的に解除することができます。Ctrl+Cmd キーを離せば、ファイルは元のように揃えて表示されます。
スクロール バーの下部の小さなボタン［前の変更箇所］および［次の変更箇所］ 
を使用して、前の変更や次の変更に移動することができます。
ファイル比較ウインドウの左右には、細い概要ストリップがあります。これらのストリップは、比較しているファイル内の変更の位置を示すマークを含んでいます。ストリップ上のマークをクリックすれば、変更箇所へ迅速にアクセスすることができます。
ファイル内をクリックしてキーボード フォーカスを移してから、カーソル キーを使って移動することができます。また、下記のショートカット キーを使用することもできます。
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Cmd+< 編集カーソルが前の変更箇所へ移動します。
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Cmd+> 編集カーソルが次の変更箇所へ移動します。
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Option+Left および Option+Right 編集カーソルが語単位で左右に移動します。
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Home および End 編集カーソルがファイルの先頭または最後に移動します。
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Cmd+L 指定の行番号へ移動するためのウインドウが表示されます。
すべてのキーボードのショートカット キーの一覧は、キーボード ショートカットを参照してください。
マウスによる移動
ホイール付きマウスを使用している場合、選択しているファイル内での上下スクロールに使用することができます。
ブックマークおよびコメント
ファイルの比較や編集を行っている際にブックマークを設定しておいて、後でその場所に戻ることができます。Ctrl+F2 キーを押すと現在行のブックマークのオン/オフを切り替えることができます。ブックマーク間を移動するには F2 または Shift+F2 を押します。
ブックマークにコメントを追加することができ、重要な情報の注釈を付けたり、質問を記録することができます。ブックマークのコメントを編集するには、ブックマークを右クリックして［コメントの編集］を選択します。ブックマーク コメントは、マウス ポインターをブックマーク上に置くとツール ヒントとして表示されます。
ブックマークおよびコメントは、比較をアーカイブまたはチームでの合同作業のために保存する際に一緒に含められます。またブックマーク コメントは HTML 比較レポートでも見られます。このため、比較の中に質問を入力したり注釈を付けておき、それを後で電子メールで送信してほかのチーム メンバーが校閲できるようにする有用なツールとなります。
3 者間ファイル比較
2 者間ファイル比較に加え、Merge Professional Edition では 3 ファイルの比較およびマージが行えます。詳細については、3 者間ファイル比較を参照してください。