Merge では、ASCII、MBCS（マルチバイト文字セット）および Unicode 
形式のファイルを比較することができます。Merge は、ファイルの編集に IME（東アジア言語で使用する Input Method Editor）もサポートしています。
Merge は開いたファイルのメモリ内表現には Unicode 形式を使用します。コードページは、ファイルの読み込みおよび保存時に、ディスク ベースのシングルバイトまたはマルチバイト文字セット表現を Unicode に変換、またはその逆の処理を行う場合に使用されます。
Merge でファイルを開いた後、［ファイル］メニューの［文字エンコード］コマンドを使用して、ファイルを保存する際に使用されるコードページを変更することができます。このコマンドによって開くウィンドウの使用方法は、文字エンコードの選択トピックで説明しています。
ファイルを異なるコードページで再度開く
間違ったコードページを使用してファイルを開いてしまった場合、文字の一部または全部が正しく表示されません。このような場合は、ファイル パネル上で右クリックして開くショートカット メニューの［エンコード付きで...を再度開く］コマンドを使用して、正しいコードページで再度開きます。このコマンドを使用すると、別のコードページを選択することができるウィンドウが表示されます。ファイル比較ウィンドウ上の別のファイルは影響を受けず、最初に開かれたときのコードページを使用し続けます。
ASCII および MBCS
ASCII または MBCS 形式を使用するファイルは、通常どのエンコードを使用するかの情報を含んでいません。
Unicode 以外を使用するファイルを開いた場合、Merge はデフォルトで、お使いのコンピュータの現在の言語設定のデフォルト コードページを使用します。または、オプション ダイアログの編集ページで選択したコードページを使用します。ファイルが別のコードページで保存されていることがわかっている場合は、そのコードページを［ファイルを開く］ダイアログで指定することができます。
ファイルを保存するとき、Merge はデフォルトでそのファイルを読み込んだときのコードページを使用して保存します。［名前を付けて保存...］ダイアログを使用して、保存時に異なるコードページを選択することができます。
Unicode
Unicode は、通常 2 バイトの識別子（0xFFFE または 0xFEFF）で開始し、アプリケーションはこれを使用してそのファイルが Unicode を使用していることを判断します。識別子はテキスト エディタでは表示されません。Merge はファイルを開くときに、この識別子を調べます。この識別子がある場合、Merge はそのファイルを Unicode として開きます。識別子がない場合、Merge はそのファイルが Unicode で格納されていないと見なし、デフォルト コードページまたは［ファイルを開く］ダイアログで指定されたコードページ/Unicode 形式のいずれかで開きます。
Merge はビッグエンディアン（big-endian）およびリトルエンディアン（little-endian） Unicode 形式の両方をサポートし、お使いのオペレーティング システムがサポートしている場合は、UTF-7 および UTF-8 もサポートします。