Merge では、ファイルにテキストを直接入力して編集することができます。いずれかのファイルをクリックして選択してから、キーボードを使って必要な編集を行います。
Ctrl+C キーを使用するとテキストをファイルからクリップボードにコピーし、Ctrl+V キーを使用すると他方のファイルに貼り付けます。また、テキストのブロックを選択して Merge 内の別のファイル パネルや、他の多数のアプリケーションにドラッグ アンド ドロップすることができます。選択したテキストをコピーする場合は Ctrl キーを押したまま目的の場所にドロップし、移動する場合は Shift キーを押したままドロップします。
ファイルに変更を加えた場合、Merge は常に最新の比較結果が表示されるように、バックグラウンドで比較を行います。
修正箇所インジケータ
ファイルが修正された場合は、ウィンドウ上部にある編集フィールドの横にインジケータ アイコン 
が表示されます。
編集マーカーおよびブックマーク
ファイルを編集すると、どの行を編集したのかがわかるように編集マーカー
を自動的に生成します。キーボード ショートカット Ctrl+7 および Ctrl+8 を使うか、［編集］メニューのコマンドを使えば、編集箇所間を移動することができます。
ファイルの比較や編集を行っている際にブックマークを設定しておいて、後でその場所に戻ることができます。ブックマークを設定するには、Ctrl+F2 を押して現在行のブックマークのオン/オフを切り替えます。ブックマーク間を移動するには F2 または Shift+F2 を押します。
コメントは編集マーカーとブックマークの両方に追加することができ、重要な情報の注釈を付けたり、質問を記録することができます。マーカーまたはブックマークのコメントを編集するには、ブックマークを右クリックして［コメントの編集］を選択します。コメントは、マウス ポインタをマーカーまたはブックマーク上に置くとツールヒントとして表示されます。
ブックマークおよびコメントは、比較をアーカイブまたはチームでの合同作業のために保存する際に一緒に含められます。このため、確認のため後でチーム メンバに電子メールで送ることができる比較で、質問したり注釈を付けるための有用なツールとなります。
変更を元に戻す
［編集］メニューの［元に戻す］ 
および［繰り返し］ 
コマンドを使用して行った編集を変更することができます。
読み取り専用ファイル
ファイルが読み取り専用の場合、ウィンドウ上部にある入力フィールドの横に 
アイコンが表示されます。
デフォルトでは、Merge で読み取り専用となっているファイルを編集することはできません。このファイル保護は、表示ページの適切な設定を変更することで無効にすることができます。
ファイルのマージ
上に述べた編集機能に加え、ファイルの変更を別のファイルに簡単にマージするためのツールがいくつか用意されています。詳細については、ファイルのマージを参照してください。