Merge のバイナリ比較では、バイナリ（一般的に非テキストおよび非イメージ）データ ファイルを比較する手段を提供します。ファイルの差異をバイト レベルで調べたい場合の最良の比較方法です。Merge ではファイルを構成するバイトをさまざまな方法で変換および表示することができます。たとえば、16 進、10 進、浮動小数点 のファイル データなどです。
新規バイナリ比較ウィンドウを開くには、ツールバーの 
ボタンの隣にあるドロップ ダウン メニューから［新規バイナリ比較］コマンドを選択するか、［ファイル］メニューの［新規バイナリ比較］コマンドを選択します。
比較ファイルが表示される 2 つの空の領域がウィンドウの大部分を占めています。各ファイル ペインの上には対象のファイルへのパスを入力するフィールドがあります。
各入力フィールドに対象となるファイルのパスを入力するか、パス入力フィールドの右側にあるボタンを使ってファイルを選択することができます。
ボタンをクリックするとファイルの参照ウィンドウが開き、
ボタンをクリックすると過去に比較したファイルがドロップダウン リストに表示されます。ドロップダウン リストからファイルを選択する際に Ctrl キーを押したままにすると、Merge は他方のファイル ペインのファイル名フィールドに、履歴から対応するファイル名を設定します。
比較する 2 つのファイルを選択したら、ツール バーの 
ボタンをクリックするかEnter キーを押します。
また、対象のファイルを Windows エクスプローラからファイル名入力フィールドまたはファイル ペインまでドラッグ アンド ドロップすることもできます。
バイナリ比較の表示
Merge のインストール ディレクトリには、2 つのサンプル ファイル（test1.txt および test2.txt）が用意されています。下図は、これら 2 つのファイルのバイナリ比較結果の画面です。
2 つのファイル変更箇所が色とリンク線を使って強調表示されています。ファイル比較ウィンドウの中央パネルに表示されているリンク線は、両ファイルの変更箇所をつなぐことによってファイルがどのように関連しているかを示しています。比較ウィンドウで使用されている色とフォントはフォントと色オプション ページのコントロールを使用して変更できます。
Merge のメイン ウィンドウ下部のステータス バーに、比較している両ファイルの変更箇所の数が表示されます。キャレットのバイト オフセットも表示されます。
［ウィンドウ］メニューの［分割］コマンド 
および 
（または F11 および F12 キー）を使用すると、ファイル比較ウィンドウ内のレイアウトを変更して比較ファイルを上下または左右（デフォルト）に表示することができます。
Merge には、ファイルの比較および表示方法をカスタマイズするためのオプションが数多く用意されています。また、最良の結果を出すためにMerge のカスタマイズを行うためのヘルプ トピックも用意されているので活用してください。
移動
一方のファイルでスクロール バーを使ってファイルをスクロールするともう一方のファイルもスクロールされるので、比較する両方のファイルは常に中央で揃えて表示されます。中央のポイント マーカー（リンク線パネルの中央にあるインデントされた線）は、揃えられている両ファイルを Merge が関連付けようとしているポイントを示します。Ctrl キーを押しながらスクロールすれば、ファイルを揃えて表示する機能を一時的に解除することができます。Ctrl キーを離せば、ファイルは元のように揃えて表示されます。
スクロール バーの下部の小さなボタン［前の変更箇所］および［次の変更箇所］ 
を使用して、前の変更や次の変更に移動することができます。
ファイル比較ウィンドウの左右には、細い概要ストリップがあります。これらのストリップは、比較しているファイル内の変更の位置を示すマークを含んでいます。ストリップ上のマークをクリックすれば、変更箇所へ迅速にアクセスすることができます。
ファイル内をクリックしてキーボード フォーカスを移してから、カーソル キーを使って移動することができます。また、下記のショートカット キーを使用することもできます。
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Ctrl+Page Up（または F7）で、編集カーソルが前の変更箇所へ移動します。
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Ctrl+Page Down（または F8）で、編集カーソルが次の変更箇所へ移動します。
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Ctrl+← および Ctrl+→ で、編集カーソルが語単位で左右に移動します。
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Ctrl+Home および Ctrl+End で、編集カーソルがファイルの先頭または最後に移動します。
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Ctrl+G では指定の行番号へ移動するためのウィンドウが表示されます。
すべてのキーボードのショートカット キーの一覧は、ファイル比較のキーボード ショートカットを参照してください。
マウスによる移動
Merge はホイール付きマウスをサポートしています。3 ボタンのマウスを使用している場合、ファイル パネルを中央ボタンでクリックすると移動モードになります。マウスを移動した方向にファイルがスクロールします。移動を停止するには、もう 1 度マウスの中央ボタンをクリックします。ホイール付きマウスを使用している場合、選択しているファイル内での上下スクロールに使用することができます。［フォワード］/［バックワード］ボタンがあるマウスまたはキーボードの場合は、これらのボタンを使って前の変更箇所や次の変更箇所へ移動することができます。
複数のファイル比較ウィンドウの切り替え
Merge では同時に複数のファイル比較ウィンドウを開くことができます。メインの比較ウィンドウの下部にあるタブ ストリップを使用すると、マウスのシングル クリックでファイル比較ウィンドウを切り替えることができます。
ブックマークおよびコメントの編集
ファイルの比較や編集を行っている際にブックマークを設定しておいて、後でその場所に戻ることができます。Ctrl+F2 キーを押すと現在行のブックマークのオン/オフを切り替えることができます。ブックマーク間を移動するには F2 または Shift+F2 を押します。
コメントはブックマークに追加することができ、重要な情報の注釈を付けたり、質問を記録することができます。ブックマークのコメントを編集するには、ブックマークを右クリックして［コメントの編集］を選択します。ブックマーク コメントは、マウス ポインタをブックマーク上に置くとツールヒントとして表示されます。
ブックマークおよびコメントは、比較をアーカイブまたはチームでの合同作業のために保存する際に一緒に含められます。このため、確認のため後でチーム メンバに電子メールで送ることができる比較で、質問したり注釈を付けるための有用なツールとなります。
3 者間ファイル比較
2 者間ファイル比較に加え、Merge Professional Edition では 3 ファイルの比較およびマージが行えます。詳細については、3 者間ファイル比較を参照してください。