Merge を使えば、アクティブなファイル比較またはフォルダー比較のシングル ファイル アーカイブを作成することができます。このような保存された比較には、別のマシンでも比較を再現するのに必要なすべての情報が含まれています。保存された比較は、アーカイブに最適です。また同僚に確認やコメントを求めるため電子メールで送信するのにも適しています。（比較を保存する代替方法として、HTML 比較レポートの作成も検討してみてください。）
保存された比較には作成済みのブックマークおよび関連するコメントがすべて含まれています。保存された比較を同僚に電子メールで送信する前に、ブックマークを使用して比較に質問や注釈を付けたり、特に注意を払う必要がある部分を示したりすることができます。ブックマークとコメントの作成については、テキスト ファイルの比較（または、入力/貼り付けしたテキスト）およびフォルダー比較トピックの「ブックマークとコメント」セクションを参照してください。
アクティブなファイルまたはフォルダー比較ウィンドウの内容は、［ファイル］メニューの［名前を付けて保存｜比較の保存...］コマンドを使用して保存できます。また、後から［ファイル］メニューの［開く｜比較を開く...］コマンドを使用して、その比較を再度開くことができます。
Merge v6.5 で作成した保存された比較は Merge 2007 以降で開くことができません。その逆も同様です。これは 64 ビット プロセッサのアーキテクチャをサポートするために必要とされる変更によるものです。