Merge はフォルダー階層比較および同期をサポートしているので、ディレクトリ ツリー全体を比較およびマージすることができます。これは、異なるバージョンのソース コードやウェブ ページの変更を検知するのに好都合です。記録型 CD や USB スティックの内容を検証するために、効率的なバイト単位比較オプションを使用することもできます。
フォルダー比較および同期のインスタント図解をまだお読みでない場合、これに目を通すことによって、Merge のフォルダー比較について簡単に理解することができます。また、リボンおよびツールバー：Windows のバージョンによって異なる Merge ユーザー インターフェイス トピックを見直されると役に立ちます。
比較の開始
クイック アクセス ツールバー（リボンの上）やリボン自体（または左端のリボン項目のドロップダウン メニュー）にある、また旧式の Merge インターフェイスの場合はツールバーにある、［新規フォルダー比較］ 
ボタンを使用します。もう 1 つの方法として、Ctrl+D を押します。
フォルダー比較ウィンドウのレイアウトは、ファイル比較ウィンドウと非常によく似ています。
比較するフォルダーの指定
対象フォルダーへのパスをウィンドウ上部の入力フィールドに入力するか、［参照］ 
または［履歴］ 
ボタンを使用します。ドロップダウン リストからフォルダーを選択する際に Ctrl キーを押したままにすると、Merge は他方のファイル ペインのフォルダー名フィールドに、履歴から対応するフォルダー名を設定します。Windows エクスプローラーからフォルダー比較ウィンドウの入力フィールドへ対象のフォルダーをドラッグ アンド
ドロップすることもできます。
比較する 2 つのフォルダーを選択したら、リボンまたはツールバーにある［開始/再比較］ 
ボタンをクリックするか、またはフォルダー名入力フィールドのいずれかにフォーカスがあるときに Enter キーを押して、比較を実行します。
フォルダー比較が完了するまで待たなくても、比較結果を参照および使用することができます。
また、Mergeは、ローカル ディスクおよびネットワーク ボリューム上のフォルダーと同様、Perforce および Subversion リポジトリ内に保存されているフォルダー階層に直接アクセスし比較することもできます。詳細については仮想ファイル システム（VFS）プラグインをご覧ください。
バージョン ボタンでフォルダーのその他のリビジョンにアクセスする
入力フィールドで示される名前のフォルダーに他のバージョンがあり、それが比較のために利用可能な場合、
ボタンはこれらの他のバージョンのリストを表示します。左右両方の比較パネルで同じファイルを開き、このボタンを使用して、そのファイルの古いリビジョンと比較することができます。
［オプション］ウィンドウ > ［アプリケーション］ > ［SCM システムからのファイル バージョンを表示する］オプションのチェックをオンにすると、Merge は、比較中のフォルダーの別バージョンを、関連する構成管理システム リポジトリから検出しようとします。Perforce、Subversion または Visual SourceSafe の URI がファイル名入力フィールドに指定されている場合、Merge はフォルダーがアクセスされるリポジトリで他のバージョンのフォルダーを検索します。そうではなく、フォルダーがローカル ディスクまたはネットワーク ボリュームから読み込まれ、それがクライアント ワークスペースの一部である場合、Merge は資格情報 オプション ページで資格情報が提供されている関連リポジトリを検索します。
ボタンが有効でない場合は、アプリケーションおよび資格情報 オプション ページで関連するオプションを確認してください。
3 者間フォルダー比較
2 者間フォルダー比較に加え、Merge の Professional Edition は 3 つのフォルダー階層間の比較、および自動フォルダー マージをサポートしています。
フォルダー比較ウィンドウ
このスクリーンショットは、2 フォルダー間の一般的な比較結果を示しています。結果リスト内の各ファイルまたはフォルダーに対する挿入、削除、変更、未変更などの状態が色分けして示されています。指定した行の中で最も新しいファイルには赤いドット 
が付けられます。
フォルダー比較結果リストには、フォルダー比較ウィンドウでよく使うコマンドを含んだショートカット メニューが用意されています。結果リスト内でマウスを右クリックすると、このショートカット メニューが表示されます。リスト内の右側でクリックしたか左側でクリックしたかによって、表示されるメニュー コマンドの内容が一部変わります。
挿入、削除、変更、および未変更の各ファイルとフォルダーの色は、［フォントと色］オプション ダイアログを使用して変更することができます。
リボンまたはツールバーの［オプション］ 
メニューの［タイムスタンプとサイズの切り替え］コマンドを使用して、ファイルのタイムスタンプとサイズの表示のオン/オフを切り替えます。
［変更］列内の数字は、隣り合っている 2 列のファイル間の変更点の数を示します。3 者間フォルダー比較の場合、3 番目の［変更］列は最初と 3 番目のフォルダー階層間における変更の数を示します。この列は、リボンまたはツールバーの［オプション］ メニューの［変更行数を表示］コマンドを使用して、表示のオン/オフを切り替えられます。変更列に表示されるその他のシンボルは、ファイルの処理中に発生したエラーや、オプション設定のフィルタリングによって除外された行を示します。どちらの場合も、シンボルの上にマウス ポインターを置くと、何を表しているのか詳細情報が表示されます。
結果リストの列幅は、各列見出しの間にあるディバイダー（分割マーク）を左右に動かせば変更できます。
ファイルおよびフォルダーの選択
結果リストでは、ファイル/フォルダーを下記の方法で選択することができます。
-
リボンまたはツールバーの［行選択］
メニュー内のコマンドを使用して、さまざまな異なる方法で行を選択する。
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対象の項目をクリックして選択し、それ以外の選択項目の選択を解除する。
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Ctrl キーを押した状態で対象の項目をクリックし、それを現在の選択に追加する、または現在の選択から削除する。
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Shift キーを押した状態で対象の項目をクリックし、選択範囲をその項目まで広げる。
-
Ctrl+A キーを押して、結果リスト内の全ファイルを選択する。
ファイル比較ウィンドウの起動
結果リストを使用して、指定したファイルの比較ウィンドウを開くことができます。詳細については、ファイル比較ウィンドウの起動を参照してください。
ファイルおよびフォルダーの削除
フォルダー比較ウィンドウでファイルを削除する場合は、削除対象のファイル/フォルダーを選択してから Delete キーを押してください。また、リボンまたはツールバーの［選択範囲を削除］ 
コマンドを使用することもできます。
削除したファイル/フォルダーは Windows の［ごみ箱］から元に戻すことができます。
ファイルおよびフォルダーを表示しない
結果リストでファイルおよびフォルダーを選択し、リボンまたはツールバーの［非表示/表示］ 
メニューから［選択項目の表示/非表示］コマンドを実行すれば、選択範囲を非表示にすることができます。
非表示にしたファイル/フォルダーは、同じメニューから［非表示項目を表示］を実行すれば、表示することができます。
非表示にしてもフォルダー比較処理から除外されることはありません。その後も比較対象となりますが、［非表示項目を表示］コマンドを使って表示するまで画面に表示されないだけです。
ファイルおよびフォルダーを比較から除外
ワイルドカード式を指定することにより、ファイルおよびフォルダーを比較処理から除外することができます。除外したファイルおよびフォルダーは比較されず、［非表示項目を表示］を実行しても結果リストには表示されません。この機能は、サイズが大きなバイナリ ファイルやフォルダー階層全体を除外する場合などに使用できます。
ブックマークおよびコメント
ファイルの比較や編集を行っている際にブックマークを設定しておいて、後でその場所に戻ることができます。Ctrl+F2 キーを押すか、リボンまたはツールバーの［コメントの編集］ 
をクリックすると、現在行のブックマークのオン/オフを切り替えることができます。ブックマーク間を移動するには、F2 または Shift+F2 キーを押すか、リボンまたはツールバーの［次のブックマーク］ 
または［前のブックマーク］ 
ボタンを使用します。
ブックマークにコメントを追加することができ、重要な情報の注釈を付けたり、質問を記録することができます。ブックマークのコメントを編集するには、ブックマークを右クリックして［コメントの編集］を選択します。ブックマーク コメントは、マウス ポインターをブックマーク上に置くとツール ヒントとして表示されます。
ブックマークおよびコメントは、HTML 比較レポートを作成する際や、アーカイブまたはチームでの合同作業のために比較を保存する際に一緒に含められます。このため、比較の中に質問を入力したり注釈を付けておき、それを後で電子メールで送信してほかのチーム メンバーが校閲できるようにする有用なツールとなります。
フォルダー比較のカスタマイズ
Merge がフォルダー比較を実行する方法をカスタマイズするための方法が数多く用意されています。カスタマイズ オプションの詳細については［オプション］ダイアログを参照してください。